Лордот Лансдау изнесувајќи факти за состојбата во овој период во Македонија, во делото „The Balkan Question“ (Балканското прашање), објавено во март 1905 година, во Лондон, покрај другото, ќе наведе дека: „Во Македонија постои една таква состојба во која луѓето од една иста народност се фаќаат за врат еден со друг поради верските особини, додека луѓето од една иста вера си ги вадат очите еден со друг поради особините на народноста”. Неколку месеци подоцна и д-р Карло Блинд во својата статија „Бугарските злосторства против Бугарите” објавена во весникот „Пал-Мал Газете” од 5 јули 1905 година, ќе напише: „…Двата воставички комитети меѓусебно се уништуваат. Цончев го предводи врховистичкиот, а Сандански централистичкиот комитет, односно внатрешната организација. Сандански се прикажува како единствен претставник, Македонец. Тој си поставил за цел од Македонија да создаде независна држава, која единствено би можела да влезе во составот на „Балканска федерација”, кога таквата сомнителна творба еднаш би се создала. Цончев од своја страна тежи да создаде „Бугарска автономна Македонија”, која потоа би се соединила со Кнежевството Бугарија”.

По Рилскиот конгрес и целосниот расцеп во Организацијата, Сандански целата своја дејност ја заснова на самостојноста на Македонското ослободително движење, а борбите со четите на врховистите продолжиле со целата жестина во цела Македонија се до младотурската револуција. Влијанието на Јане Сандански врз македонската левица било забележано и од страна на бугарската влада, па и таа настојувала да го ликвидира. Македонската десница по убиствата на Борис Сарафов и на Иван Гарванов во 1907 година, донела решение да се изврши атентат врз Јане Сандански. На 24 септември 1908 година во Солун, една група, испратена од Софија на чело со војводата Тане Николов, извршила неуспешен атентат врз Јане Сандански, при што е ранет.

Нешто подоцна групите на Сандански и Чернопеев ја формираат Народната федеративна партија, во која зазема активно учество во создавањето и раководењето. Нејзината програма предвидувала Отоманската империја да се реформира како Источна федерација и да се образуваат самоуправни вилаети: Македонија, Албанија, Ерменија. На 14 август 1909 година само четири дена по основачкиот конгрес на НФП, пак во Солун, бил извршен втор обид за убиство на Сандански. Како организатори на овој атентат се споменуваат Димитар Ризов, бугарски дипломат родум од Битола и публицистот Никола Наумов од Штип, кој постојано престојувал во Солун како дописник на Бугарската телеграфска агенција, секако со логистика на бугарските и австриските тајни служби.

Во 1908 година соработувал со младотурците и се залага за автономна Македонија и легален политички живот. За тоа зборува неговиот манифест од 18 јули 1908 година во кој ги поканува малдотурците за соработка. Кога реакционерните сили го презеле турскиот парламентот, кон силите на Младотурците се приклучил и одред од 1200 македонски револуционери предводени од Јане Сандански, Тодор Паница и Христо Чернопеев. Тие учествуваат во Младотурскиот поход на Цариград и по тридневни борби, на 24 април 1909 година, контрареволуцијата била совладана. Македонските револуционери со својата храброст одиграле важна улога во совладувањето на реакционерните сили и во детронирањето на султанот Абдул Хамид II.

Кога веќе не успеале со атентатите, бугарската влада се обидела да ги искористи несогласувањата помеѓу Влахов и Сандански и да создаде раздор во НФП. Бугарската тајна полиција ангажирала група лнтелектуалци од македонската десница кои со заговор ќе ја растурат НФП. Со низа валкани игри и подметнувања од страна на лица од македонската десница. судирот помеѓу Димитар Влахов и Јане Сандански, односно помеѓу „влаховистите” и „сандинистите” толку се заострил што нивното натамошно заедничко дејствување во НФП боло невозможно. Нејзиното доуништување го завршиле бруталните акции на Младотурците во 1910 годша. На 5 јуни 1910 годша излегол последниот број на партискиот орган, а веќе во август 1910 година НФП, речиси, престанала да постои.

Јане Сандански учествувал и во Првата балканска војна, на страната на Балканскиот сојуз со јасно изразени цели за самостојна македонска држава. На 30 октомври 1912 година со своите чети го ослободил Мелник и како претходница на Бугарската армија дејствувал при заземањето на Рупелската клисура, со што го овозможува поразот на турскиот Струмски корпус. Како претходница на 7 – та Рилска дивизија, Сандански со својата придружба и бугарските коњаници на мајорот Цонев влегуваат во Солун, веднаш по предавањето на градот на Грците од страна на Таксим паша на 8-ми ноември 1912 година. Дури следниот ден во Солун влегуваат 7-мата Рилска дивизија и грчки трупи. На банкет одржан по повод ослободувањето на Солун, Сандански одржал здравица и рекол, дека пие за здравјето на новата држава автономна Македонија. Тогаш сите присутни бугарски офицери, ги извадиле своите сабји и започнале да се закануваат дека за такви зборови глави ќе паѓат и јазици ќе сечат и дека не за тоа е пролиено толку бугарска крв. По ваквите изговорени зборови тој мирно го напуштил банкетот и Солун.

За време на Втората балканска војна, кога Грците го запалиле Кукуш и вршеле геноцид над македонскиот народ, Јане Сандански наново ја собрал четата и ја зазел Рупелската клисура. Со тоа ги прекинал врските на грчката војска, што овозможило таа да биде поразена од бугарската војска кај селото Бело поле, Џумајско.

Разочаран од поделбата на Македонија, сакал да ги казни виновниците. Неговите немери биле откриени а како голем противник на врховизмот и на бугарската завојувачка политика кон Македонија и неговата непомирлива борба за самостојна Македонија, по наредба на кнезот Фердинанд, бил убиен од заседа од своите идејни противници на Пирин Планина, на 22 април 1915 година..