Бошнаков е роден 1878 година во Охрид, Македонија. Станал член на Гемиџиите додека учел во Солунската машка гимназија „Св. Кирил и Методиј" и учествувал во Солунските атентати.
Тој го изнајмил дуќанот од спротивната страна од Отоманкста банка во Солун, од таму се ископувал тунел до темелите на банката и бил поставен динамитот. Подоцна во тој дуќан Јордан Поп Јорданов го запалили фитилот и ја разнел Отоманската банка.
Тој е еден од четворицата Гемиџии (Павел Шатев, Георги Богданов и Милан Арсов) кои биле уапсени и изведени пред специјален суд.
Сите четворица биле осудена на смрт, но подоцна казната била преиначена во доживотен затвор. Марко Бошнаков умрел на 15 февруари 1908 година в Мурзук, во либиската провинција Фезан.
Неговиот череп од страна на Павел Шатев и Богданов бил донесен во Македонија. Веста за смрта на Марко Бошнаков е забелажана и во некрологот кој го издава Охридското друштво за помош,во кој се вели:


"На 14 фебруари т.г. во турските затвори во Триполи - Африка -,далеку од Татковината,роднините и пријателите ,склопил очи уште еден херој за македонската слобода,уште една скапа жртва од онаа редица борци,едни од кои ги оставија своите коски по македонските гори со пушка во раце,а други во влажните турски зандани по разни краишта на империјата."


Остатоците, т.е. главата на Марко Бошнаков била сместена во украсно дрвено ковчеже и била погребена на гробиштата во црквата Св. Богородица Перивлепта. Но помеѓу двете светски војни, поради отстранување на влага во црквата, извршено е отстранување на земја од северната, од источната и од западната страна, при што било извршено и отстранување на гробовите што се наоѓале на овој простор.
Посмртните остатоци од сите гробови, меѓу кои и остатоците од Марко Бошнаков, биле пренесени во црквата Св. Константин и Елена, која потоа станала еден вид костурница.